Евгений Харитонов родился 30 сентября 1976 года на острове Сахалин в г. Поронайске. В 1998 году окончил Сахалинское театральное училище, по окончании обучения остался служить в Южно-Сахалинском театре драмы.
Спустя сезон переехал в Астрахань, где поступил в Астраханский драматический театр. Годом позже по приглашению перешел в Тамбовский драматический театр. В 2010 году окончил обучение на курсе В. И. Зыкова и Н. Л. Скорика в МГУКИ. Служил в Пензенском театре драмы.